Terdapat dua metode sterilisasi alat kesehatan yang digunakan dalam pembedahan, yaitu sterilisasi suhu tinggi dan sterilisasi suhu rendah.
1. Metode sterilisasi suhu tinggi adalah menggunakan panas tinggi untuk mendenaturasi protein mikroba untuk mencapai tujuan membunuh bakteri. Ini adalah yang paling banyak digunakan secara klinis, dan sterilisasi uap bertekanan umum digunakan, yang cocok untuk instrumen dan barang yang dapat menahan kelembapan dan panas yang tinggi. Ada juga sterilisasi uap kilat, yang dapat digunakan untuk instrumen dan barang telanjang.
Kedua, sterilisasi suhu rendah, seringkali menggunakan sterilisasi etilen oksida. Aplikasi paling klinis, keuntungannya adalah tidak merusak barang yang disterilkan, memiliki daya tembus yang kuat, dan memiliki efek membunuh mikroorganisme yang baik. Sterilisasi uap formaldehida suhu rendah dapat digunakan untuk perangkat medis yang tidak tahan suhu tinggi.
